Trước năm 2005, khi hồ sơ hóa thạch của Askeptosaurus rất ít và phân tích về loài đã bị hoãn, vị trí của Askeptosaurus trên cây phát sinh chủng loại là một cuộc tranh luận sôi nổi giữa các nhóm nghiên cứu khác nhau. Hiện tại, phân tích mới nhất chứng thực giả thuyết của Renesto (1992) [9] nói rằng Endennasaurus ó liên quan chặt chẽ hơn với Askeptosaurus so với các thalattosaur khác. gười ta thường đồng ý rằng một nhóm đơn ngành được hình thành bởi Anshunsaurus và Askeptosaurus. Cụ thể hơn, Askeptosaurus thuộc nhóm Askeptosauroidae,một nhánh của Askeptosauroidea. Dưới Askeptosauridae, có một phân nhánh khác gọi là Anshunsaurus, em gái của Askeptosaurus được tìm thấy từ các trầm tích Trias giữa ở Quý Châu, Trung Quốc.[10] Hiện tại, loài Askeptosauroidea chỉ được biết đến từ vùng núi cao Triassic và miền nam Trung Quốc, và Askeptosaurus đại diện cho kỷ lục lâu đời nhất của nhánh này.